Педагогическая модель Сенежской студии сама по себе явилась выдающимся произведением системного дизайна. Как отмечала Л.А.Жадова, основатели студии подошли к решению проблемы художественного образования как истинные проектировщики, создав динамичную организационную структуру, не имевшую прототипов ни в СССР, ни за рубежом. Поскольку тезис о возможности включения глубинного художественного содержания в индустриальное и средовое проектирование нельзя было доказать чисто дедуктивно, вся деятельность Сенежа выстраивалась как масштабный культурно-педагогический эксперимент.
Студия функционировала как пульсирующий, легко трансформируемый творческий организм. Два-три раза в год в Дом творчества на берегу озера Сенеж съезжались группы из 30–40 практикующих художников и архитекторов со всех концов СССР. Духовно раскованная атмосфера подмосковной природы, свободная от столичной суеты и производственной текучки, обеспечивала тотальное погружение в работу. Принципиальным условием было отсутствие школярской отвлеченности: каждый участник привозил с собой реальный заказ от своего региона или предприятия (например, проект музея деревянного зодчества в Архангельске, разработку универсального кухонного комбайна для рижского завода «Страуме» или кислородной установки для Свердловска) и в течение двух месяцев разрабатывал его вместе с консультантами студии, увозя домой готовое проектное решение.
По воспоминаниям Бокова, каждый двухмесячный проектный семинар на Сенеже обладал выверенной внутренней драматургией и последовательно проходил через три основные фазы развития. На начальной, пропедевтической фазе семинаристы выполняли серию отвлеченных композиционно-пластических упражнений, направленных на расшатывание ремесленных стереотипов, преодоление профессиональной инерции и освоение языка художественного проектирования.
Затем наступала концептуально-командная фаза, в рамках которой формировались творческие бригады — обычно по два, три или четыре человека, чьи творческие индивидуальности гармонично дополняли друг друга, — и начиналась интенсивная разработка проектной концепции в ходе эвристических дискуссий. Завершался цикл макетостроительной фазой, когда найденный замысел материализовался в гигантских и детально проработанных макетах из бумаги, картона и дерева, сопровождаемых уникальной проектной графикой.
Поскольку разового двухмесячного погружения было недостаточно для радикальной перестройки профессионального мышления, в студии с самого начала была внедрена система четырехлетнего очно-заочного обучения. Наиболее одаренные к системному проектированию семинаристы отбирались в постоянные потоки и вызывались на Сенеж четыре года подряд, последовательно осваивая четыре курса усложняющейся программы. В тихие межсессионные периоды студия сжималась до узкого ядра штатных преподавателей и консультантов, которые анализировали результаты прошедшего цикла, разрабатывали новые методические задания (адаптируя их под профиль следующего заезда) и выезжали с циклами теоретических лекций и выездными семинарами в крупнейшие региональные центры — Новосибирск, Ульяновск, Ригу, Киев. Внутри самих семинаров линейная передача знаний была заменена сократической майевтикой (системой провокационных наводящих вопросов мастера), моделированием парадоксальных ситуаций и организационно-деятельностными играми (ОДИ) по методологии философа Георгия Петровича Щедровицкого, где участники в ролевом конфликте («заказчик», «технолог», «критик», «потребитель») вырабатывали нетривиальные синтетические решения.